水田開発は、国土形成の歴史上、大きな第一歩であった。近年、本州最北端の青森県に至るまで全国各地で多数の水田跡が発見され、縄文後期以来、矢板や杭で補強された畦畔や水路で区画され、井堰や水量調節用の柵を備えた取・排水口をもつなど、現代にまで受けつがれる基本的な形をもった水田が営まれていたことがわかってきた。
弥生期から古墳期にかけての水田には、まず登呂遺跡（静岡県）にみられるような低地で大区画のものがある。そのなかには、大区画の内部をさらに細かく区画したものもある。次に微高地の縁辺から低湿地にかけてのゆるい傾斜面を利用したものがあり、大小の区画が入りまじってみられる。また起伏の少ない土地に広範囲にわたって碁盤目状に小区画を施したものもある。
これらは、時代とともにある形から別の形へと発展的に変化するものではなく、水田がつくられる場所の微地形や土壌によって細かく制約を受け、多様な形をとる。区画は水をためるための仕切りであり、高低差のあるところでは小さく、平坦なところでは大きくなるのが一般的な傾向である。
水田の立地は、まず、海岸砂丘や自然堤防の背後にできた低湿地からはじまったと考えられるが、その後、低湿地の縁辺をとりまく自然堤防などの微高地、さらには河岸段丘などの低い台地にまで、水を得る工夫とともに、そう長い時間をかけずに拡大した。しかし、水の掛け引きや田面の耕耘、溝の手直しなど日常的な作業だけが安閑となされていたわけではない。水の得やすい場所は、同時に、河川の突発的な洪水によって水田が冠水したり埋没したりといった被害にさらされやすい。一か所の遺跡において、異なった形の水田遺構が、時代を隔てた上下の地層に重なって現れることがしばしばあるのは、そうした埋没の跡を示している。
水田景観をながめれば、小規模な集団が占居した小さな盆地や小河川流域の小平野では、水田はその地の全体に広がって小さくまとまった小世界を形づくっていたことであろう。一方、大きな盆地や大河川流域の平野では、複数の集団が分割占居するのに応じ、小流路の利用と結びついて森林・原野や湿原の中に島状に水田が分散していたと思われる。
このようにして新しい土地を開発していった弥生期は、本格的に自然改造を行っていくその後の歴史のはじまりであった。