| 部会長 | 所 属 | 任 期 |
| 鈴木 光剛 | 筑波大学 | 1988年4月～1990年3月 |
| 豊國 永次 | 神戸大学 | 1990年4月～1992年3月 |
| 中村 良太 | 東京大学 | 1992年4月～1994年3月 |
| 四方田 穆 | 岡山大学 | 1994年4月～1996年3月 |
| 豊田 勝 | 新潟大学 | 1996年4月～1998年3月 |
| 早瀬 吉雄 | 農工研 | 1998年4月～2000年3月 |
| 畑 武志 | 神戸大学 | 2000年4月～2002年3月 |
| 四ヶ所 四男美 | 九州大学 | 2002年4月～2003年12月 |
| 中曽根 英雄 | 茨城大学 | 2004年1月～2005年12月 |
| 武田 育郎 | 島根大学 | 2006年1月～2007年12月 |
| 増本 隆夫 | 農工研 | 2008年1月～2010年3月 |
| 後藤 章 | 宇都宮大学 | 2010年4月～2012年3月 |
| 高瀬 恵次 | 石川県立大学 | 2012年4月～2014年3月 |
| 加藤 亮 | 東京農工大学 | 2014年4月～2016年3月 |
| 堀野 治彦 | 大阪府立大学 | 2016年4月～2018年3月 |
| 黒田 久雄 | 茨城大学 | 2018年4月～ |