27大学で博士課程があります(博士課程を持つ大学の情報)
①北海道大学大学院農学院 地域環境学ユニット
基盤的な自然環境要素である土壌・水・大気の保全と高度利用、要素間の物質循環とエネルギーフロー、生物を含めた要素間の相互作用の解明、総合的な自然環境情報の効率的取得・解析を通じて、良質な地域環境基盤の創成と持続的な地域社会の形成に資する教育を行います。
http://www.agr.hokudai.ac.jp/g/frontiers-in-environmental-sciences#unit-of-regional-environment
②帯広畜産大学大学院畜産学研究科
家畜生産科学，環境生態学，食品科学，農業経済学，農業環境工学，植物生産科学，畜産衛生学の農畜産学分野に関する「獣医・農畜産学融合」教育を提供し，食と農のグローバル化を背景にした専門的知識及び創造性と，優れた研究開発能力及び教育能力を備えた教育者・研究者を養成します。
http://www.obihiro.ac.jp/dr-prg-anim-sci-agric
③岩手大学連合大学院農学研究科地域環境創生学専攻
弘前大学、岩手大学、山形大学の３大学で構成される。農林漁業生物を含む生物資源の生産・保全に関する環境要因やその作用機構に関する基礎研究、それらの要因制御の方法の開発に関する研究教育を行う。また、生物資源の生産と持続的な利用の基礎となる土地、海洋、水資源の管理や利活用に関する基礎と応用に関する研究教育を行う。
http://ugas.agr.iwate-u.ac.jp/outline-2/major/
④北里大学獣医学系研究科生物環境修復学
①自然環境と動植物の生息環境の実態把握、②循環型社会の形成のための社会基盤の整備と保全・修復、③動植物を含めた生態系保全、④環境のモニタリングなど、生態系との調和や環境創造に関する知識と技術の修得とします。
http://www.kitasato-u.ac.jp/jp/academics/policy/index.html
⑤秋田県立大学大学院生物資源科学研究科生物資源科学専攻
生物資源科学に関して広範な専門知識と問題発見・解決能力を持ち、独創的な研究分野を開拓できる研究力と創造力を有し、それを大学・研究機関・企業・ベンチャーなどで発揮する高度技術研究者の養成を目指します。
http://www.akita-pu.ac.jp/gakubu/grad-bio/daigakuin0200
⑥東京農工大学大学院連合農学研究科農業環境工学専攻
本学の連合農学研究科は、東京農工大学大学院農学府、茨城大学大学院農学研究科及び宇都宮大学大学院地域創生科学研究科の修士課程の講座と附属施設を母体として編成されています。農業生産の基盤となる農地の土と水に関する工学、地域の水利用と水質管理及び水環境の保全に関する工学、地域資源の保全と地域の環境計画、農業生産の最適化と効率化に関するシステム工学、作物や家畜の生産及び生産物の加工流通における環境制御工学等に関する研究を通して、これからの持続的且つ環境保全的な農業生産を支える工学技術分野について、基礎から応用までの総合的な教育と研究を行います。
http://www.tuat.ac.jp/documents/uni-grad/overview/rendaigaiyou2020.pdf
⑦筑波大学生命地球科学研究群エコリージョン基盤開発学領域
環境コロイド界面工学、生産基盤システム工学、生態構造工学、流域保全工学、水利環境工学、生物生産機械学、生物資源変換工学、保護地域管理学、生物圏情報計測制御学、農村環境整備学の10分野でエコリージョン（環境調和的な活動空間）を回復・保全する地域基盤の開発などに関わる教育と研究指導を行っています。
http://www.bres.tsukuba.ac.jp/gakui-program/agricultural-sciences/
⑧東京大学農学生命科学研究科生物・環境工学専修生物・環境工学専攻
農学の使命は、環境を大切にし、地球上の他の生物との共存を図りながら、持続的な食料生産を実現することです。工学の使命は、与えられた自然条件、生物資源、人的資源の中で、最適な技術を創造することです。生物・環境工学専修は2つの分野、農学と工学、これらを調和させ、人類の生存と発展に寄与するための教育を行います。
http://www.en.a.u-tokyo.ac.jp/
⑨日本大学大学院生物資源科学研究科
地球環境と共生し、生物と人間環境の共存関係を構築するために、生物学、生態学、環境科学、情報科学、工学、社会科学の融合により、生物と共存した人間居住環境、生産環境の創造と環境の修復保全再生技術の開発を目指します。
http://www.brs.nihon-u.ac.jp/
⑩東京農業大学大学院農学研究科農業工学専攻
本専攻では、水、土地及び食糧資源の有効利用と環境創造・保全を考慮した工学的生物生産技術の開発研究に対応できる人材の育成に努めています。
http://www.nodai.ac.jp/nodaigs/major/agri/engineering/
⑪明治大学大学院農学研究科農学専攻
自然と人間の持続的な共生と調和を目指して「食料・環境・生命」の総合科学を推進している。分子レベルから地球環境レベルに至る多様な課題について、ライフサイエンスから社会科学までの幅広いアプローチにより、生命への洞察力と豊かな人間性を育み、高度な専門知識を備え、広い視野から問題解決に当たることができる専門性と総合性を兼ね備えた人材を育成することを目的とする。
http://www.meiji.ac.jp/agri/daigakuin/outline/mokuteki.html
⑫信州大学大学院総合医理工学研究科環境共生学分野
本分野では森林資源利用学ユニット、地域環境共生学ユニット、山岳環境保全学ユニットの3ユニットを設けています。これにより森林環境の保全と修復、山地防災と流域管理、森林資源の持続的生産と有効利用・計画、農村生産環境の改善と整備、緑地環境の保全と利用計画など、持続的な社会の実現に向けた教育研究を実施します。
http://www.shinshu-u.ac.jp/graduate/scienceandtechnology/agriculture/sustainable/
⑬新潟大学大学院自然科学研究科
農林業地域を含む流域を一単位と位置付け、地域の自然環境に調和した持続的な農林業の生産活動と、そのバックグラウンドである生態学的な機能と構造に焦点をあてます。具体的には、研究者や技術者を目指す後期課程の院生に、農業生産基盤の整備と農業食料工学の活用、森林科学と生態学の分野における生態系の再生や創出に関する先進的な専門教育を行います。
http://www.gs.niigata-u.ac.jp/~gsweb/program/est.html
⑭石川県立大学生物資源環境科学研究科自然人間共生科学専攻環境科学研究領域
自然と人間が、共生・共存しうる地域社会を実現するための地域資源の保全、管理と循環利用、生態系の保全に配慮した持続的な食料生産のための農地の利用と管理、高齢化社会に対応した地域環境管理、バイオテクノロジー等の新技術を活用した環境保全技術の開発等の諸課題を研究対象とします。
http://www.ishikawa-pu.ac.jp/graduate/course/doctor/doctor1/
⑮岐阜大学大学院連合農学研究科
静岡大学大学院総合科学技術研究科及び岐阜大学大学院応用生物科学研究科を主たる基盤としています。
http://www.ugsas.gifu-u.ac.jp/graduate/
⑯三重大学大学院生物資源学研究科共生環境学専攻環境・生産科学講座
豊かな環境の創造と保全を目指し，高度な科学的ならびに工学的手法を用いて，環境および農林水産業にかかわる諸問題を解決し，グローバルな視点をもって地域の発展に貢献することを目標としている。環境情報システム工学は，生物生態に関する知識を基に，情報処理技術を核とした環境情報の計測・制御・システム工学を手段とする。
http://www.bio.mie-u.ac.jp/academics/doctor-15/dep02/course04/index.html
⑰滋賀県立大学大学院環境科学研究科環境動態学専攻研究部門
生物圏の重要な環境構成要素である大気圏、水圏、岩石圏、および土壌圏のマクロ、メソ、ミクロ動態を究明し、その管理手法を最適化するための教育研究を行う。
http://www.usp.ac.jp/gakubu/kankyo/in/in_s/in_doutai/
⑱京都大学大学院農学研究科地域環境科学専攻
地域固有の自然のことわり・多様性を深く理解することにより環境問題が生じてきた基礎原因を見いだしてゆくこと，問題解決に必要な生産活動・生活の在り方を確立することが強く求められている．本専攻の研究基盤はここにある．
http://www.est.kais.kyoto-u.ac.jp/
⑲大阪府立大学大学院生命環境科学研究科
生物の多彩な生命現象・機能の解明と利用をめざしたバイオサイエンス・バイオテクノロジー、持続的な生命環境の保全創成などについての高度な専門教育を行い、先進的な技術開発や研究、学術の発展に貢献できる人材、幅広い視野、高い倫理観と深い洞察力をもち独創的な研究能力を備えた国際的リーダーとなりうる高度技術者・研究者の養成をめざします。
http://www.osakafu-u.ac.jp/academics/graduate/life_envi/
⑳近畿大学農学研究科
本学の建学精神である実学教育と人間性の陶冶をふまえ、農学に関わる自然科学から社会科学までの幅広い知識と技術を修得し、研究科で育まれた高度な能力を実社会が抱える様々な問題の解決に実践、応用できる人材の育成を目指しています。
http://www.kindai.ac.jp/about-kindai/principle/policy/graduate/agriculture/#cont01
㉑神戸大学大学院食料共生システム学専攻生産環境工学
食料の生産者と消費者が環境保全型持続社会を通して共生するための生産基盤構築から流通・消費に至る全プロセスの体系化を目的とした教育研究を行います。食料や環境に関する幅広い知識・技術を備え、公共部門および民間部門で活躍できる人材を養成するため、食料共生システム学専攻に生産環境工学および食料環境経済学の２講座を設けています。
http://www.ans.kobe-u.ac.jp/kenkyuuka/index.html#01
㉒鳥取大学大学院連合農学研究科生産環境科学専攻
本学の大学院連合農学研究科は、鳥取大学大学院持続性社会創生科学研究科、島根大学大学院自然科学研究科及び山口大学大学院創成科学研究科の修士課程の講座と、附属施設並びに鳥取大学乾燥地研究センターを母体として編成しています。農林業における生産・流通・消費、農林業の生産環境、及び森林・流域環境に関わる各々の領域において発生する諸問題を改善・解決するために、卓越した研究能力とその基盤となる豊かな学識、高度な技術、俯瞰的な広い視野及び高い倫理観を修得している。
http://rendai.muses.tottori-u.ac.jp/japanese/outline/index.html
㉓岡山大学大学院環境生命科学研究科社会基盤環境学専攻農村環境創成学講座
自然が有する生産力と包容力を最大限に活かす機構の解明、国土保全機能が期待される農村空間の創出、ならびに豊かな地域環境を形成するための水資源、生物資源および土地資源などの持続的利用や循環を確保する維持管理についての規範と技術について教育・研究を行い、さらに生態学的、工学的および社会科学的理論に基づく総合的な研究プロジェクトを展開する。
http://www.gels.okayama-u.ac.jp/profile/kouza_nouson.html
㉔愛媛大学大学院連合農学研究科生物環境保全学専攻
愛媛, 香川及び高知の３大学によって構成される。人口増加と資源消費が空前のレベルに達し，地球の有限性及び人間の生存と活動の限界が共通の認識となり，生物資源生産及び人間生存の基盤としての環境の保全とその合理的利用が農学に課された新しく大きな課題となっている。そこで工学的及び生態学的方法を軸とした教育と研究を行う。
http://rendai.agr.ehime-u.ac.jp/gaiyo/sisin.html
㉕九州大学大学院農学研究院環境農学生産環境科学
生物生産環境、生物生存環境の保全・修復・創生と資源の高度な生産・加工・利用を図り、環境と資源利用が調和した持続可能な社会の構築に寄与する人材を体系的、組織的に育成することを教育目標とする。環境科学および生産科学に関する先端的・学際的知識、包括的思考力、高度な課題探求・解決能力の修得と学際的かつ国際的に活躍するために必須となる英語、化学、生物学、物理学、数学、経済学などの基礎学力、および研究遂行のための熱意・能力・資質をもった人物を期待する。
http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/for_graduate/cource/
㉖鹿児島大学大学院連合農学研究科農水圏資源環境科学
佐賀大学大学院農学研究科、鹿児島大学大学院農学研究科、同水産学研究科及び琉球大学大学院農学研究科で構成する。温帯から熱帯資源の生産・利用を中心に地域・国際農水産学、環境農水産学及び先端生命科学に関する高度の専門的能力と豊かな学識をそなえた研究者を養成し、斯学の進歩と農水産業および地域の発展に寄与することを目的とする。
https://homeugs.agri.kagoshima-u.ac.jp/researcher/environmental-science/
㉗宮崎大学大学院農学工学総合研究科
農学と工学の学際的な知識を備え、それらを総合的に活用しようとする学習意欲の高い人材を国内外に広く求めています。また、社会人として経験を活かしながら高度な技術や知識を習得しようとしている人材も歓迎します。
http://www.miyazaki-u.ac.jp/tech/agr_eng/index.html